为了保证反渗透系统的顺利进行，需要针对不同的进水水质进行预处理。
对于反渗透系统，习惯地把进水分为地下水、自来水、地表水、海水、废水（中水）等，这些水体受各种因素的影响，不同的地理条件，不同的季节气候导致水体的特性及其所含的杂质有所不同，因此反渗透预处理工艺也会有所不同。
合理地预处理应该能满足如下要求：
1、反渗透预处理必须能够去除原水中的绝大多数杂质，达到进水要求；
2、反渗透预处理必须考虑水质的变化，防止原水水质波动时影响整个系统的稳定运行；
3、反渗透预处理工艺必须能够高效、稳定的运行，同时尽量简化流程，降低投资和运行成本；
目前流行的方法主要有以下几种：
（1）物理法
物理方法包括
①沉淀法或气浮分离法
②砂过滤、预涂层（助滤剂）过滤、滤筒过滤、精过滤等
③活性炭吸附法
④冷却或加热。
（2）化学法
化学方法包括
①氧化法：利用臭氧、空气、氧、氯等氧化剂进行氧化
②还原法
③pH值调节法
（3）光化学法
光化学预处理方法主要指紫外线照射。
采用哪一种预处理方法，不仅取决于料液的物理、化学和生物学性质，而且还要根据在膜分离过程中所用组件的类型构造作出判断。实际运行中的故障，一方面是由于膜表面上的分离所带来的直接污染；另一方面与膜组件本身的构造有关。预处理所需要达到的标准，根据所用的膜件的不同也不一致。